首先来学习一下非营利组织免税资格认定的相关内容。 根据《财政部 国家税务总局关于非营利组织企业所得税免税收入问题的通知 》（财税〔2009〕122号）《财政部 税务总局关于非营利组织免税资格认定管理有关问题的通知》（财税〔2018〕13号）以及京财税 〔2018 〕851 号， 非营利组织接受其他单位或者个人捐赠的收入、除《中华人民共和国企业所得税法》第七条规定的财政拨款以外的其他政府补助收入，但不包括因政府购买服务取得的收入、按照省级以上民政、财政部门规定收取的会费、不征税收入和免税收入孳生的银行存款利息收入、财政部、国家税务总局规定的其他收入为免税收入。 目前非营利组织免税资格认定已由纸质审批全部改为电子审批，企业应在电子税务局内进行非营利组织免税资格全程网上认定系统申请。
下面给大家介绍一下非营利组织免税资格认定的流程：
企业在纳税人端填写《非营利组织免税资格认定申请表》，可点击暂存或提交，申请表提交后再查看审核结果； 复审的企业需要在纳税人端先行上传非营利组织免税资格有限期满复审申请原件扫描件；注意若选择暂存，则税务机关查看不审核，只有企业填写《非营利组织免税资格认定申请表》完毕并点击提交后税务机关开始审核。
税务机关初审和联合认定小组审核环节中退回补正和资料退回时给纳税人发送短信，短信内容如下:“您好，贵单位申请的非营利组织免税资格认定状态有更新， 请及时查阅。如已处理请忽略此信息。”审核结束后，财政部门按下“审核结束”按钮后给纳税人发送短信，短信内容如下: “非营利组织免税资格认定审核完毕，请关注财政、税务部门官网公告名单。”
下面给大家介绍一下总分机构的政策解读。根据国家税务总局关于印发《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法》的公告（国家税务总局公告2012年第57号），居民企业在中国境内跨地区设立不具有法人资格分支机构的，该居民企业为跨地区经营汇总纳税企业，除另有规定外，其企业所得税征收管理适用本办法。对于总分机构的征收管理办法为统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算、财政调库，可以就地分摊缴纳企业所得税的范围有总机构及具有独立生产经营职能的二级分支机构。二级分支机构，是指汇总纳税企业依法设立并领取非法人营业执照（登记证书），且总机构对其财务、业务、人员等直接进行统一核算和管理的分支机构。
对于不具有主体生产经营职能，且在当地不缴纳增值税的产品售后服务、内部研发、仓储等汇总纳税企业内部辅助性的二级分支机构、汇总纳税企业在中国境外设立的不具有法人资格的二级分支机构、上年度认定为小型微利企业的其二级分支机构均不得就地分摊缴纳企业所得；新设立的二级分支机构，设立当年不就地分摊缴纳企业所得税；当年撤销的二级分支机构，自办理注销税务登记之日所属企业所得税预缴期间起，不就地分摊缴纳企业所得税。 汇总纳税企业应当自年度终了之日起5个月内，由总机构汇总计算企业年度应纳所得税额，扣除总机构和各分支机构已预缴的税款，计算出应缴应退税款，按照国家税务总局公告2012年第57号规定的税款分摊方法计算总机构和分支机构的企业所得税应缴应退税款，分别由总机构和分支机构就地办理税款缴库或退库。
汇总纳税企业在纳税年度内预缴企业所得税税款少于全年应缴企业所得税税款的，应在汇算清缴期内由总、分机构分别结清应缴的企业所得税税款;预缴税款超过应缴税款的，主管税务机关应及时按有关规定分别办理退税，或者经总、分机构同意后分别抵缴其下一年度应缴企业所得税税款。
下面我们说一下总分机构日常管理。跨地区经营的汇总纳税企业总机构企业所得税预缴申报： 汇总纳税企业总机构《中华人民共和国企业所得税月（季）度预缴纳税申报表（A类）》申报表主表第1-26行及附表1、2、3。填表规则、步骤与一般企业（非跨地区经营的汇总纳税企业）相同，在此基础上，在主附表树下拉菜单中选择《中华人民共和国企业所得税汇总纳税分支机构分配表》。“汇总纳税企业情况登记”与分配表勾稽，因此必须保证维护信息无误，不然会影响预缴及汇算清缴申报。跨地区经营的汇总纳税企业分支机构企业所得税预缴申报： 根据目前系统情况，若该汇总纳税企业分支机构纳税人的总机构在本市，该分支机构企业所得税预缴申报前总机构需先完成当期的预缴申报，否则该分支机构无法进行正常申报。汇总纳税企业分支机构纳税人《中华人民共和国企业所得税月（季）度预缴纳税申报表（A类）》（2018版）填报主表第20、21行数据即可，2018版以前的《中华人民共和国企业所得税月（季）度预缴纳税申报表（A类）》主表数据需通过《中华人民共和国企业所得税汇总纳税分支机构分配表》录入后自动带入。
